1、确定品种、用途和容量。
首先，组培室设计应该考虑你想生产的品种，这是我们通常不太注意的。许多人认为，在将来建造一个组织培养室可以生产许多甚至所有的植物品种。这是比较常见的误解。事实上，不同植物品种的组织培养特性也不同，培养周期和培养条件也不同。没有品种特征的盲目设计将对未来的空间利用、生产效率、环境控制和生产成本产生不可估量的影响。其次，应考虑生产目的。是快速繁殖吗?还是幼苗解毒?你们卖瓶苗、半成苗还是成苗?这些需要在设计阶段充分考虑。组培植物的布局设计目的也不同。另外，根据生产能力，结合品种、市场和自身条件设定目标生产能力，最终根据生产能力确定组培工厂的规模。
2、合理的空间布局，提高工作效率。
良好的空间布局至少应满足以下基本条件：
第一，功能齐全，可进行流程操作。
第二，可以区分人员和物流渠道，避免交叉。
第三，有清洁控制区和非控制区，区域之间有相应的过渡措施。
3、根据规模合理选材，降低施工成本。
净化材料，铝合金+玻璃，环氧地板，PVC地板，清洁灯具等组织培养植物装饰材料很多。应根据组培室的面积、资金预算、预置能力等综合考虑选择哪些材料进行装修，找到合适的组合，达到至佳投入产出比。
4、区域清洁处理，降低培养过程污染率。
组织培养过程中的污染是任何组培室都不可避免的问题。因此，无论大小，都应建立相应的清洁控制区。当然，不同的规模和投资可以选择不同的方式(管道通风净化处理、移动式自净处理、FFU区域净化处理、新鲜空气通风净化处理等)
5、合理的暖通空调设计，降低运行成本。
根据组培室的规模，相应的暖通空调布置和暖通空调设计主要考虑空调、制冷和温度的均匀性，而培养室是关键。集中中央空调设计可考虑规模较大且能快速进入大规模生产的。但对于目标不明确或无法快速进入生产状态的小型组培植物，通常建议采用分体空调设计，这样在早期生产过程中将大大降低运行成本。
6、注意防火设计，消除火灾等安全隐患。
组培室设计阶段需要考虑任何形式的工厂。装修材料，线路设计，紧急通道，安全门等需要考虑到与安全相关的其他因素。
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