褐化
解决方案：在培养基中添加活性碳可以防止植物组织自身的酚类物质排泌和变褐老化，对形态发生和器官形成有良好作用。一般认为，活性碳主要吸附非极性物质及色素大分子，可以减少一些有害物质的影响，但是具体吸附的选择性很差，温度低时吸附力增强，温度高时吸附力减弱，甚至会解吸附，通常使用浓度为0.5-10g/L。加入活性炭后使培养基变黑，对一些植物诱导生根有利。大量活性炭的加入会削弱琼脂的凝固能力，因此要多加些琼脂。很细的活性炭容易沉淀，因此通常在琼脂将要凝固时，需轻轻摇动培养瓶。
酚污染
解决方案：植物外植体组织在接种时的切割面会溢泌一些酚类物质，在接触空气中的氧气后，其会氧化为相应的醌类物质，产生可见的茶色、褐色或黑色，此即谓“酚污染”。在木本植物，尤其是热带木本植物及少量草本植物中，此现象较为严重。
常用的防治措施如下：
1、试用抗酚类氧化的药剂(半胱氨酸及其盐酸盐、二硫苏糖醇、谷胱甘肽、抗坏血酸等。该类药剂一般需用浓度为50-200mg/L。用经过滤灭菌的药液洗涤刚切割的外植体伤口表面，或加入固体培养基的表层，或将刚切割的外植体浸入其中一定时间)
2、适当降低培养基温度。
3、接种后先进行一定时间的暗培养。
4、及时转接入新鲜培养基。
5、选择切取外植体部位等。
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